Vid Tullen finns fyra avdelningar: utrikeshandels- och beskattningsavdelningen, bevakningsavdelningen, tullkontorsavdelningen och förvaltningsavdelningen. Övriga enheter vid Tullen är Tullaboratoriet, staben, statens intresse- och rättsbevakning samt den interna revisionen. Tullen leds av generaldirektören.
Tullens ledningsgrupp
Ledningsgruppen består av generaldirektören som ordförande samt av Tullens avdelningschefer, ekonomidirektören och kommunikationsdirektören.
Sami Rakshit, generaldirektör
Tom Ferm, utrikeshandels- och beskattningsavdelningen
Samy Gardemeister, bevakningsavdelningen
Kari Hannu, tullkontorsavdelningen
Stefan Aniszewsk, förvaltningsavdelningen
Pekka Pylkkänen, ekonomidirektör
Mika Parkkonen, kommunikationsdirektör