Vid Tullen finns fyra avdelningar: utrikeshandels- och beskattningsavdelningen, bevakningsavdelningen, tullkontorsavdelningen och förvaltningsavdelningen. Övriga enheter vid Tullen är Tullaboratoriet, staben, statens intresse- och rättsbevakning samt den interna revisionen. Tullen leds av generaldirektören.
Tullens ledningsgrupp
Ledningsgruppen består av generaldirektören som ordförande samt av Tullens avdelningschefer, ekonomidirektören och kommunikationsdirektören.
Hannu Mäkinen, generaldirektör
Jarkko Saksa, utrikeshandels- och beskattningsavdelningen
Sami Rakshit, bevakningsavdelningen
Maritta Haapasalmi, tullkontorsavdelningen (frånvarande, ställföreträdare Pekka Äijälä)
Hannu Lappi, förvaltningsavdelningen
Pekka Pylkkänen, ekonomidirektör
Mika Parkkonen, kommunikationsdirektör