Tullissa on neljä osastoa: ulkomaankauppa- ja verotusosasto, valvontaosasto, toimipaikkaosasto ja hallinto-osasto. Lisäksi Tullissa on Tullilaboratorio, esikunta, valtion edun- ja oikeudenvalvonta sekä sisäinen tarkastus. Tullia johtaa pääjohtaja.
Tullin johtoryhmä
Tullin johtoryhmään kuuluvat pääjohtaja puheenjohtajana, Tullin osastojen päälliköt, talousjohtaja ja viestintäjohtaja.
Sami Rakshit, pääjohtaja
Tom Ferm, ulkomaankauppa- ja verotusosasto
Samy Gardemeister, valvontaosasto
Kari Hannu, toimipaikkaosasto
Stefan Aniszewski, hallintojohtaja
Pekka Pylkkänen, talousjohtaja
Mika Parkkonen, viestintäjohtaja