Tullivarastoinnin ilmoitukset annetaan sähköisesti Suomen tullin tulliselvitysjärjestelmään. Vakiomuotoisen ilmoituksen voi antaa myös ennakolta. EIR-luvanhaltija, joka asettaa tavaran tullimenettelyyn kirjanpitoon tehtävällä merkinnällä, antaa tavaroista esittämistiedonannon. Tullivaraston luvanhaltijat antavat Tullille päättämistiedonannon, kun tavarat on asetettu seuraavaan tullimenettelyyn tai jälleenviety.
Mahdollisista muutoksista tullivarastoinnin ilmoituksiin tiedotetaan erikseen tulliselvitysjärjestelmän uusien versioiden käyttöönoton yhteydessä.