Tullen leds av generaldirektören. Inom Tullen finns enheter (avdelningarna, Tullaboratoriet, staben, statens intresse- och rättsbevakning, intern revision) samt verksamhetsenheter (funktioner och tullar) som styrs av dessa enheter.
Som stöd för Tullens ledning finns en ledningsgrupp som bistår generaldirektören och avdelningscheferna i ledningen av Tullens verksamhet och i beslutsfattandet som gäller allmänna riktlinjer för verksamheten. Ledningsgruppen består av generaldirektören som ordförande samt av Tullens avdelningschefer, ekonomidirektören och kommunikationsdirektören.
Hannu Mäkinen, generaldirektör
Jarkko Saksa, utrikeshandels- och beskattningsavdelningen
Sami Rakshit, bevakningsavdelningen
Maritta Haapasalmi, tullkontorsavdelningen
Hannu Lappi, förvaltningsavdelningen
Pekka Pylkkänen, ekonomidirektör
Mika Parkkonen, kommunikationsdirektör